Die Kirchenleitung der SELK besteht derzeit aus neun Mitgliedern. Neben Ordinierten (Bischof Hans-Jörg Voigt D.D. sowie vier Pröpsten) sind auch Laien (Kirchenrätinnen und -räte) in dem Leitungsgremium vertreten. Die Kirchenleitung kommt etwa zehn Mal im Jahr zu Sitzungen zusammen.

Der Bischof wird von der Kirchensynode gewählt, die vier Pröpste von der Versammlung der Synoden der jeweiligen Kirchenregion. Der Geschäftsführende Kirchenrat wird von der Kirchenleitung und dem Kollegium der Superintendenten auf acht Jahre berufen und von der Kirchensynode bestätigt. Die ehrenamtlichen Kirchenrätinnen und Kirchenräte werden von der Kirchensynode auf acht Jahre gewählt.

Über die Aufgaben der Kirchenleitung heißt es in der Grundordnung der SELK knapp, aber klar: "Die Kirchenleitung übt unter dem Vorsitz des Bischofs die Leitung und Verwaltung der Kirche aus."